疾病预防控制中心(以下称：疾控中心)和职业病防治院(以下称：职防院)主要在单位设立、工作内容、组织架构上存在区别，以武汉为例，具体如下：

　　1、单位设立区别

　　疾控中心根据工作需要，分别设立区县级、地市级、省级以及国家级疾病预防控制机构，通过不同级别、分类管理，加强对全国疾病预防控制和公共卫生服务工作的开展;

　　职防院一般以市级为单位成立部门，一站式职业卫生技术服务的专业职业病防治机构，主要负责全市的职业相关疾病和放射疾病的诊断和治疗。

　　2、工作内容不同

　　疾控中心主要是围绕国家疾病预防控制重点任务，包括传染病、寄生虫病、地方病、非传染性疾病等预防与控制;突发公共卫生事件和灾害疫情应急处置;疫情及健康相关因素信息管理，开展疾病监测，收集、报告、分析和评价疾病与健康危害因素等公共卫生信息;

　　健康教育与健康促进，对公众进行健康指导和不良健康行为干预;疾病预防控制技术管理与应用研究指导等。

　　职防院是提供职业病危害检测与评价、职业健康体检、职业病诊断与治疗、职业健康教育与科研促进一站式服务的专业职业病防治机构，涵盖工业企业职业卫生与放射卫生及医疗机构放射卫生。

　　3、组织架构不同

　　疾控中心根据工作分工主要包括：传染病预防控制所、艾滋病预防控制所、血吸虫病与地方病预防控制所、消毒与病媒生物防制所、慢性非传染性疾病预防控制所、健康教育所、病原生物检测所、环境健康与食品安全检测所和信息中心。

　　职防院主要包括：设有健康管理科、职业卫生科、放射卫生科、医疗科(下设企业服务部)、卫生检验科、临床检验科、放射科、特检科、药剂科、公共卫生科等10个业务科室。